Si l’intégration en milieu ordinaire doit être la règle, parfois une autre situation doit être envisagée. Les établissements spécialisés s’adressent aux jeunes handicapés qui ne peuvent suivre une scolarité normale. Ils relèvent soit du ministère de l’Éducation nationale, soit du ministère en charge des Affaires sociales, et sont de différents types :
L’orientation vers ces établissements dépend des Commissions des droits et de l'autonomie des personnes handicapées (CDAPH). La scolarisation des enfants et adolescents qui y sont admis est placée sous le contrôle du ministère de l’Éducation nationale.
Les établissements à caractère sanitaire accueillent les enfants et adolescents malades.
Les établissements de santé et les Maisons d’enfants à caractère sanitaire (MECSA) sont des établissements publics ou privés placés sous la tutelle du ministère en charge de la Santé. L’admission est prononcée sur prescription médicale.
Chaque établissement est spécialisé dans le traitement d’un type de pathologie mentale ou physique. Des accords avec l’éducation nationale permettent dans certains cas l’organisation d’une scolarité à l’intérieur même de ces institutions :
L’orientation vers ces établissements relève exclusivement d’une décision des Commissions des droits et de l'autonomie des personnes handicapées (CDAPH). Le coût de la prise en charge y est assuré par l’assurance maladie. Les établissements sont placés sous la tutelle des DDASS (Directions départementales de l’action sanitaire et sociale) et la scolarisation y est assurée par des enseignants de l’Éducation nationale.
« L’amendement Creton » (article 22 de la loi 89-18 du 13 janvier 1989) permet le maintien d’adolescents et de jeunes adultes dans un établissement médico-social au-delà de 20 ans en attendant une solution adaptée par décision conjointe de la CDAPH et de la COTOREP.